Ves Hůrky je zmíněna v písemných pramenech poprvé za Karla IV., a sice v listině vydané pro Jana Leuchtenberka. Tomu Karel IV. zastavil asi patnáct vesnic výměnou za Domažlicko. Hůrky vznikly pravděpodobně v druhé polovině 13. století nebo nejpozději v první polovině 14. století a až do zániku feudalismu náležely k hlubockému panství. Z historie je známo, že roku 1489 král Vladislav II. panství vyplatil a ustanovil jeho majitelem Zdeňka Lva z Rožmitálu, který jej o rok později zastavil Vilému z Perštejna. Po Vilémově smrti se o panství postupně dělili jeho synové a dcery. Ferdinand I. vyplatil roku 1561 Hůrky ze zástavního držení a obratem je dobře prodal pánům z Hradce. Ti povolili v Lišově vařit pivo a prodávat je do sedmi okolních hostinců. Mezi vybranými byla i obec Hůrky.
Léta stavovského povstání, které bylo předehrou třicetileté války, uštědřila Hůrkám těžké rány. Hůrečtí stále dopláceli na svou polohu na významné cestě mezi Lišovem a Lomnicí. Výrazně je poznamenalo jak tažení pasovských vojsk, kterými se pokusil císař Rudolf II. s podporou pasovského biskupa Leopolda získat převahu v zemi nad českými stavy, tak i odchod Pasovských. Z kronik je možné vyčíst, že o úplný odchod Pasovských z jižních Čech se zasadil Petr Vok z Rožmberka, který věnoval asi 48 000 kop grošů výpalného. Po bělohorské bitvě získal z konfiskací řadu jihočeských panství španělský generál v habsburských službách don Baltazar Marradas. Mezi ně patřilo i panství hlubocké. Tak jako v celých Čechách, zůstalo po skončení třicetileté války i v Hůrkách mnoho gruntů pustých. Soupis poddaných uvádí, že zde v roce 1651 bylo pouze 81 obyvatel. Když v roce 1666 získali hlubocké panství Schwarzenbergové, zavedli do panství administrativní pořádek: gruntovní knihy, sirotčí, oddací a pohřební lejstra, matriky obcí apod. Po zániku vrchnostenského zřízení se Hůrky staly obcí s vlastní samosprávou a zůstaly jí až do roku 1976, kdy byly připojeny k Lišovu.
Z historických pramenů se dozvídáme, že v roce 1378 se obec psala jako „Horky“, po roce 1490 se objevuje název „ Huorky“ a teprve až od roku 1720 ji známe pod současným názvem Hůrky. Protože v té době se počítali pouze muži a majetek, můžeme se dozvědět, že obec tehdy měla 17 sedláků, 5 chalup, 1 mlýn a jednu kovárnu. V domácnostech se používaly lojové svíčky, později se svítilo petrolejem, mimořádnou událostí byla elektrifikace Hůrek v roce 1927.
Dnešní Hůrky se mnoho pochlubit řadou zajímavých památek, které odráží dávnou historii obce. Nejstarší zástavbu Hůrek tvořily dvě rozvolněné řady usedlostí podél mělkého potočního údolí, jejíž struktura je patrná dodnes. Zachovalo se zde mnoho pěkných lidových staveb, z nichž nejvýznamnější je starobylá roubená stavba (zřejmě sýpka s moučnicí), stojící před usedlostí čp. 26. Návesní kaple sv. Jana Nepomuckého, postavená uprostřed vsi roku 1868 je dílem především zdejších hospodářů. Základní stavební kámen položili Hůrečtí 13. června 1868 a ještě téhož roku v září byla kaple dokončena a slavnostně vysvěcena lišovským farářem Štěpánem Sýkorou. Nedaleko kaple stojí velmi neobvyklý pomník ve tvaru trojúhelníku, jenž je zapsán na seznamu kulturních nemovitých památek. Je to vzpomínka padlým ve válce třicetileté, válce husitské a obětem obou světových válek. V jeho horní části je vytesán kalich s řemdihem, kalich s biblí a státní znak. Pomník byl slavnostně vysvěcen páterem Františkem Čapkem z Hůrek dne 10. Června 1923. Návrh pomníku zhotovil architekt Jan Šachl z Hůrek.
Roku 1890 vznikl v obci hasičský sbor a o dva roky později byla zakoupena první hasičská stříkačka. Původní hasičská zbrojnice byla v obecním domě čp. 20, a to až do roku 1931, kdy si zdejší občané postavili novou. Farností a školou náležely Hůrky vždy k Lišovu. Začátkem 20. Století začalo obecní zastupitelstvo usilovat, a to i přes protesty několika místních občanů a snahy dvou okolních obcí, o prosazení stavby a zřízení vlastní školy. Ve školní budově s reliéfem J. A. Komenského se začalo poprvé vyučovat 2. prosince 1904. Pro nedostatek žáků byla škola v roce 1973 uzavřena a děti začaly opět dojíždět do blízkého Lišova. Významným hůreckým rodákem byl Antoním Šachl (1860-1943), zasedal jako poslanec v říšské radě ve Vídni, později v Československém národním shromáždění a až do roku 1940 byl senátorem. Zasloužil se o stavbu školy a Obecního domu v Hůrkách a o rozšiřování silnic na Lišovsku. Pracoval i jako čestný funkcionář v mnoha hospodářských organizacích.